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          Cytochrome Oxidase I (COI)

 

          C1-N-1560 (1540). Simon et al. 1994. Reads against CDS, reverse.

          C1-J-1718 (alias Ron). Simon et al. 1994. Reads as CDS, forward.

          C1-J-1751 (alias RonII). Simon et al. 1994. Reads as CDS, forward.

          C1-J-2183 (alias Jerry). Simon et al. 1994. Reads as CDS, forward.

          C1-N-2191 (alias Nancy). Simon et al. 1994. Reads against CDS, reverse.

          C1-J-2195 (alias CO1-RLR). Simon et al. 1994. Reads as CDS, forward.

          C1-N-2329 (alias K525). Simon et al. 1994. Reads against CDS, reverse.

          C1-J-2441 (alias Dick). Simon et al. 1994. Reads as CDS, forward.

          C1-N-2659 (alias Mila1). Simon et al. 1994. Reads against CDS, reverse.

          LCO Folmer et al. 1994. Reads as CDS, forward.

          HCO Folmer et al. 1994. Reads against CDS, reverse.

          Cox1-3'F J. Boore and W. Brown lab. Reads as CDS, forward.

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C1-N-1560 (back)

XIPHOSURA Limulus polyphemus G G A A T T T G A G C C G C A A T A G T A G G G A C A G C T C T C
CI-N-1560 (rev) - - - - - - . . . . . . . g . . . . . . . . . a . . . - - - - - -
ACARI Amblyomma triguttatum . . . . G A . . . . . A . G . . . . . . T . . . T T G T . . A . A
ACARI Archegozetes longisetosus . . T . C . . . . . . G . G T C . G A . . . . A T . T T . A . . G
ACARI Carios capensis . . . G C A . . . T . . A T . . . . . . . . . A . T . T . C . . A
ACARI Dinothrombium pandorae . . . G . A . . . T . A . G . . . C . . . . . . . . . A G A . . A
ACARI Haemaphysalis flava . . . . C . . . . . . A . G T . . G T . . . . T C T . A G A A . A
ACARI Ixodes hexagonus . . T . G A . . . T . A A . C . . . . . G . . . . T . T . . A . A
ACARI Labidostoma sp (partial) ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
ACARI Leptotrombidium pallidum . C C G C . . . G . . A . G . . . . A . . . . A . . C A G . . . A
ACARI Platynothrus peltifer . . . . C G . . . . . T . G . C . . A . . . . T T . T T . A T . A
ACARI Ornithodoros moubata . . G T C . . . . T . A A T . . . . A . T . . . . T . T . A . . A
ACARI Rhipicephalus sanguineus . . . G C A . . . T . A . G T . . . T . . . . A C T T A G . A . A
ACARI Varroa destructor A . T T . A . . . T . A . G . G . T T . . . . A . T . A T A T . A
AMBLYPYGI Phrynus sp . . G G . . . . . . . . . . T . . . A . T . . T . . T T . C . . A
AMBLYPYGI Phrynus sp (Hassanin et al) . . C . . . . . . . . A . . C . . . . . G . . . . . . . . C . . G
ARANEAE Calisoga longitarsis . . G G . G . . . T . G . . G . . . . . G . . . . . T . . A A . G
ARANEAE Argiope bruennichi . . . G C . . . . . . T . . T . . . . . G . . T . . . . . A A . A
ARANEAE Habronattus oregonensis . . T G C . . . . . . T . . T . . . . . G . . T . . T . . . A . A
ARANEAE Haplopelma huwenum . . . G . A . . . T . G . . T . . . . . T . . T . . G . . A A . A
ARANEAE Heptathela hangzhouensis . . . G . C . . G T . T T . T . . G A . . . . T . . . . . . T . A
ARANEAE Hypochilus thorelli . . G T . G . . G . . T T . T G . T T . . . . . . . T . . . A . A
ARANEAE Nephila clavata . . G G C . . . . . . A . . T . . . . . T . . T . . T . . A A . A
OPILIONES Chileogovia oedipus . . . T C . . . . . . A . . . . . . A C T . . C T . . . . A A . A
OPILIONES Phalangium opilio . . G . . A . . G . . T . . T . . . A . T . . . . . . . . C . . T
PALPIGRADI Prokonenenia sp . . T . . A . . . T . A . . T C . . T . . . . A . . . T . A A . A
PSEUDOSCORPIONES Apochthonius sp ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? A G A A . A
PSEUDOSCORPIONES Pseudogarypus banksi . . G . C C . . . T . A . . T T . C A . . . . . . . T . . C T . .
RICINULEI Cryptocellus centralis . . . . . A . . . . . . . . . T . . A . T . . A . . . T . G A . A
SCHIZOMIDA Hubbardia sp . . C . . A . . . . . A . G C C . . A . . . . A . G . . . A A . A
SCORPIONES Buthus occitanus . . . . . . . . . . . T T . G . . G . . T . . A . . G . . . T . A
SCORPIONES Centruroides limpidus . . . . . . . . G . . T T . C . . G . . T . . . . . T . . . . . G
SCORPIONES Euscorpius flavicaudis . . T G G . . . G . . A T . . . . . . . T . . . . . T . . . T . A
SCORPIONES Mesobuthus gibbosus . . G G . . . . G . . A T . T . . G . . T . . . . . T . . G T . A
SCORPIONES Uroctonus mordax . . T G G G . . . . . T T . T . . . . . . . . T . . T . . . T . A
SOLIFUGAE Eremobates palpisetulosus . . T G C A . . . T . . . . . . . . T . T . . T . . . . . A T . A
UROPYGI Mastigoproctus giganteus . . T C . A . . G . . T . . T C . . T C . . . T . G . . . . T . A
UROPYGI Mastigoproctus (Hassanin et al) . . . T . A . . G . . T . . C T . . T C . . . . . G . . . . T . A
UROPYGI Typopeltis sp . . . T . A . . G . . A . . . . . . T . . . . A . G . . . C . . T
Outgroups - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
MYRIAPODA Lithobius forficatus . . . . . . . . G T . A . . . . . . A . T . . T . . . . G . . . T
MYRIAPODA Scutigera coleoptrata . . . G C . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . C . . . . . A
MYRIAPODA Narceus annularus . . C G C A . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . T . . C T . A
MYRIAPODA Thyropygus sp . . T G C . . . . . . A . . . . . . A . T . . A . . C T . . T . A
PYCNOGONIDA Ammothea hilgendorfi . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A
PYCNOGONIDA Colossendeis sp . . T T . A . . . T . T . . T . . . A . T . . T T T . A G A T . A
PYCNOGONIDA Endeis spinosa . . . . . C . . G T . A . . T T C C C . . . . . . . . . . C T . A
PYCNOGONIDA Tanystylum orbiculare . . . G . . . . . T . A . . G . . . A . G . . . . . . . . . T . G
Reference Genome - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Drosophila yakuba . . . G C . . . . . . . . G . . . . . . . . . A . . . T . . T . A

C1-J-1718 (back)

XIPHOSURA Limulus polyphemus A T A A T C G G A G G A T T T G G A A A C T G A C T T A T T C C T C T A A T A
CI-J-1718 (fwd) - - - - - - . . . . . . . . . . . . . . t . . . t . a g . . . . - - - - - - -
ACARI Amblyomma triguttatum . . . . . T . . G . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . A . T . . .
ACARI Archegozetes longisetosus . . . . . T . . . . . . . . C . . T . . T . . . . . G . . . . . G A . . . . .
ACARI Carios capensis . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . T . . . . . C . . . . . A A . C . . .
ACARI Dinothrombium pandorae . . . G . A . . . . . C . . C . . . . . T . . . . . A . . C . . C A . G C . .
ACARI Haemaphysalis flava . . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . . G T . A G . C . . A A . . . . .
ACARI Ixodes hexagonus . . . . . T . . G . . T . . . . . . . . T . . . A . . G . . . . A T . . . . .
ACARI Labidostoma sp . W . . . A . . G . . T . . . A . . . . T . . G T . A M N N . . N T . G . . .
ACARI Leptotrombidium pallidum . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . A A . . . . .
ACARI Platynothrus peltifer . . . . . T . . T . . . . . . . . . . . T . . G . . A G . C . . C T . . . . .
ACARI Ornithodoros moubata . . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . A A . T . . .
ACARI Rhipicephalus sanguineus . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . T . . . T . A G . . . . . A . T . . .
ACARI Varroa destructor . . . . . T . . . . . T . . . . . T . . T . . G T . A G . . . . . T . . . . .
AMBLYPYGI Phrynus sp . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . T . . . T . A . . C . . C . . T . . .
AMBLYPYGI Phrynus sp (Hassanin et al) . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . A . . . . . . . . . . . G
ARANEAE Calisoga longitarsis T . G . . T . . G . . G . . . . . . . . T . . . T . G . . . . . . T . G . . G
ARANEAE Argiope bruennichi T . G . . T . . G . . T . . . . . G . . . . . G T . A G . . . . . T . . . . .
ARANEAE Habronattus oregonensis T . . . . T . . T . . . . . . . . . . . T . . G T . G G . . . . . T . . . . .
ARANEAE Haplopelma huwenum T . G . . T . . . . . T . . . . . . . . T . . . A . A C . . . . . T . . . . .
ARANEAE Heptathela hangzhouensis . . . . . T . . G . . G . . C . . G . . T . . . T . A G . . . . C T . . . . .
ARANEAE Hypochilus thorelli T . . . . T . . . . . . . . . . . T . . T . . G . . G G . A . . G T . G . . G
ARANEAE Nephila clavata T . . . . T . . T . . . . . . . . . . G T . . . T . G G . . . . . T . . . . .
OPILIONES Chileogovia oedipus . . . . . T . . T . . . . . . . . G . . T . . . A . A . . . . . A T . . . . .
OPILIONES Phalangium opilio . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . T . A G . C . . A T . . . . .
PALPIGRADI Prokonenenia sp . . . . . T . . . . . . . . C . . . . . T . . . T . A . . C . . C T . . . . .
PSEUDOSCORPIONES Apochthonius sp . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . T . . . T . A G . A . . . A . . . . .
PSEUDOSCORPIONES Pseudogarypus banksi . . . . . T . . . . . T . . C . . . . . . . . . T . A G . C . . C T . . . . .
RICINULEI Cryptocellus centralis . . . . . T . . T . . . . . . . . . . . T . . . A . G . . C . . . T . . . . .
SCHIZOMIDA Hubbardia sp . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . .
SCORPIONES Buthus occitanus . . G . . T . . G . . T . . . . . . . . T . . . T . G G . . . . . T . . . . .
SCORPIONES Centruroides limpidus . . G . . T . . T . . . . . . . . G . . T . . G T . G G . G . . . T . G . . G
SCORPIONES Euscorpius flavicaudis . . G . . T . . . . . G . . . . . T . . T . . G . . . G . . . . . T . G . . G
SCORPIONES Mesobuthus gibbosus . . G . . T . . G . . T . . . . . G . . T . . G T . G G . . . . . T . . . . G
SCORPIONES Uroctonus mordax . . . . . T . . G . . T . . . . . T . . T . . . . . . G . . . . G T . . . . .
SOLIFUGAE Eremobates palpisetulosus . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . G . . . . G T . . . . .
UROPYGI Mastigoproctus giganteus . . . . . T . . . . . C . . . . . . . . T . . G T . A G . . . . . T . . . . .
UROPYGI Mastigoproctus (Hassanin et al) . . . . . T . . . . . C . . . . . . . . T . . G T . A G . . . . . T . . . . .
UROPYGI Typopeltis sp . . . . . T . . G . . . . . C . . G . . . . . . T . A G . C . . A . . . . . .
Outgroups - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
MYRIAPODA Lithobius forficatus . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . A T . . . . .
MYRIAPODA Scutigera coleoptrata . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . T . A G . C . . . . . . . . .
MYRIAPODA Narceus annularus . . . . . T . . C . . . . . C . . . . . . . . . . . A G . C . . . . . C . . .
MYRIAPODA Thyropygus sp . . . . . T . . . . . C . . . . . C . . T . . . . . . G . A . . . T . . . . G
PYCNOGONIDA Ammothea hilgendorfi . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . T . . . T . A G . A . . A A . T . . .
PYCNOGONIDA Colossendeis sp . . . . . A . . G . . T . . . . . T . . T A . G . . . C . . . . . T . . . . .
PYCNOGONIDA Endeis spinosa . . G . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A G . A . . . A . T . . .
PYCNOGONIDA Tanystylum orbiculare . . . . . T . . G . . T . . . . . T . . T . . G T . A G . . . . . A . T . . .
Reference Genome - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Drosophila yakuba . . . . . T . . G . . G . . . . . . . . T . . . T . A G . G . . . T . . . . .

C1-J-1751 (back)

XIPHOSURA Limulus polyphemus A T A T T A G G G G C C C C T G A T A T A G C T T T T C C C C G A C T C
CI-J-1751 (fwd) [Ron] - - - - - - . . a t . a . . . . . . . . . . . a . . c . . - - - - - - -
ACARI Amblyomma triguttatum . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . C A . A
ACARI Archegozetes longisetosus . . . A . C . . . . . T . A G . . . . . . . . A . . . . . A . . C A . G
ACARI Carios capensis . . . C . T . . C A G T . . . . . . . . . . . C . . . . . A . . . A . A
ACARI Dinothrombium pandorae C . . A . T A . C . . A . . . . . . . . G . . A . . C . . A . . G . . A
ACARI Haemaphysalis flava . . . C . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . . A . A
ACARI Ixodes hexagonus . . . A . T . . A . . A . . . . . . . . . . . C . . . . . T . . . A . A
ACARI Labidostoma sp . . . . . . . . N T G T . . . S . . . . . . . . . . . . . T . . Y A . R
ACARI Leptotrombidium pallidum . . . A . T . . T A G T . . . . . C . . G . . C . . . . . A . . T . . A
ACARI Platynothrus peltifer . . . A . C . . A . . T . A A . . . . . G . . C . . C . . T . . . A . A
ACARI Ornithodoros moubata . . . C . T . . A A . T . . . . . . . . . . . C . . . . . T . . . A . A
ACARI Rhipicephalus sanguineus . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . A . . . . . A . . . A . A
ACARI Varroa destructor . . . A . T T C T . . A . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . T T . A
AMBLYPYGI Phrynus sp . . . . . . . . A . . A . . A . . . . . . . . A . . . . . T . . T T . A
AMBLYPYGI Phrynus sp (Hassanin et al) . . G Y . . . . A . . . . . A . . C . . . . . C . . C . . . . . . . . A
ARANEAE Calisoga longitarsis . . G . . . . . A T . A . . G . . . . . G . . . . . . . . T . . . A . G
ARANEAE Argiope bruennichi . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . A . G
ARANEAE Habronattus oregonensis . . . . . G . . . . . T . . . . . . . . G . . C . . . . . T . . . A . A
ARANEAE Haplopelma huwenum . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . T . . . A . A
ARANEAE Heptathela hangzhouensis . . . C . . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . A
ARANEAE Hypochilus thorelli . . G . . . . . T . . G . . G . . . . . . . . G . . . . . T . . T A . A
ARANEAE Nephila clavata . . . . . . . . A . . G . . A . . . . . . . . G . . . . . T . . . A . A
OPILIONES Chileogovia oedipus . . . A . T . . A . . T . . C . . . . . . . . A . . . . . T . . . T . A
OPILIONES Phalangium opilio . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . C . . C . . . . . . . . T
PALPIGRADI Prokonenenia sp . . . . . . . . A T G T . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . T . A
PSEUDOSCORPIONES Apochthonius sp . . . A . T A . A T . T . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . T A . A
PSEUDOSCORPIONES Pseudogarypus banksi . . . A . C . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T
RICINULEI Cryptocellus centralis . . . A . T . . C . . T . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . T A . A
SCHIZOMIDA Hubbardia sp . . . A . T . . A . . . . . C . . . . . G . . A . . . . . A . . . A . A
SCORPIONES Buthus occitanus . . . G . G . . A . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . G A . G
SCORPIONES Centruroides limpidus . . G . . G . . T . . T . . G . . C . . G . . . . . . . . T . . T A . G
SCORPIONES Euscorpius flavicaudis . . G . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T T . A
SCORPIONES Mesobuthus gibbosus . . G G . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . G
SCORPIONES Uroctonus mordax . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A T T . A
SOLIFUGAE Eremobates palpisetulosus . . . A . T . . . . . A . . A . . . . . . . . A . . . . . A . . T A . A
UROPYGI Mastigoproctus giganteus . . . . . . . . A . . A . . A . . C . . G . . . . . . . . A . . . A . A
UROPYGI Mastigoproctus (Hassanin et al) . . . C . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . C . . A . . . A . A
UROPYGI Typopeltis sp . . . C . . A . A . . . . . A . . . . . . . . A . . C . . T . . T A . A
Outgroups - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
MYRIAPODA Lithobius forficatus . . . . . . . . C . . A . . A . . C . . G . . . . . C . . A . . . A . A
MYRIAPODA Scutigera coleoptrata . . . A . C . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . C . . A . . . A . A
MYRIAPODA Narceus annularus . . . C . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . A
MYRIAPODA Thyropygus sp . . G . . . . . C . . A . . A . . . . . G . . C . . C . . A . . . A . A
PYCNOGONIDA Ammothea hilgendorfi . . . A . T A A T . . T . . C . . . . . . . . A . . C . . . . . T A . A
PYCNOGONIDA Colossendeis sp . . . A . T . . A . . T . . . . . . . . . . . A . G . . . T . . . . . T
PYCNOGONIDA Endeis spinosa . . . A . T . . A . . . . . A . . C . . G . . . . . . . . A . . . A . A
PYCNOGONIDA Tanystylum orbiculare . . . A . T A A T . . T . . . . . . . . . . . . . . C . . A . . . A . A
Reference Genome - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Drosophila yakuba . . . . . . . . A . . T . . . . . C . . . . . A . . C . . A . . . A . A

C1-J-1859 (back)

XIPHOSURA Limulus polyphemus G G A G C A G G A A C A G G T T G A A C C G T A T A C C C T C C T C T A G C A
CI-J-1859 (fwd) [RonII ( I = inosine)] - - - - - - . . . . . I . . a . . . . . a . . t . . . . . I . . - - - - - - -
ACARI Amblyomma triguttatum . . . A . . . . T . . . . . A . . . . . A . . T . . T . . C . . C . . . T . T
ACARI Archegozetes longisetosus . . . . . . . . G . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . T . G . . G
ACARI Carios capensis . . T . T . . . . . . . . . A . . . . . T . . C . . T . . . . . C . . T . . C
ACARI Dinothrombium pandorae . . . . . T . . . . . . . . C . . . . . A . . C . . . . . A . . A . . . T . .
ACARI Haemaphysalis flava . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . T . . T . . . . . A T . . T . .
ACARI Ixodes hexagonus . . . . . T . . T . . . . . A . . . . . . . . T . . . . . C . . . T . . T . .
ACARI Labidostoma sp . . G . . . . S . R . . . . . . . . R . T S . T . . T . . C . . C T . G T . T
ACARI Leptotrombidium pallidum . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . T . . T . . A . . . T . . T . G